DNA fragmanlarının bir karışımını çıkarmak için, basit bir saflaştırma yapmak için bir PCR cihazından yerleştirin. Serbest floresan DDNTP tek nükleotidini çıkarın, makinede dizilenebilen belirli bir uzunlukta bir DNA fragmanını bırakın. Bir poliakrilamid çözeltisi ilk olarak sekanslama işlemi sırasında içi boş bir kılcallara enjekte edilir. Daha sonra, polimerizasyon reaksiyonu oluşturmak için poliakrilamid çözeltisi UV ışığı ışınlaması ile iyonize edildi. Poliakrilamid jel, nükleotidin elektroforezini başlatmak için elektrik alanı altında bir ayırma etkisi üretir. Kısa DNA fragmanlarının elektroforetik hareketi hızlıdır ve uzun DNA fragmanlarının elektroforetik hareketi yavaştır. DNA fragmanlarının karışımı, bir poliakrilamid jel içeren bir kılcal içindeki bir elektrik alanının etkisi altında negatif bir yüke pozitif bir yüke geçer. Kılcalın pozitif ucu katı hal lazer ile ışınlanır ve spektroskopik bir optik sensör farklı floresan yoğunluklarını kaydeder. Her DNA fragmanının, lazer tarama noktasından geçerken, üzerinde belirli bir floresan rengi yayacak bir floresan grubu vardır.
Çünkü önceki polimerizasyon reaksiyon işleminde, polimerizasyon reaksiyonunun başlangıç noktası belirli bir primer konumundan başlar. Bu nedenle, önce elektroforezin lazer tarama noktasına ulaşan DNA fragmanı daha kısa fragmandır, bu nedenle polimerizasyon sonlandırma konumu polimerizasyon başlangıç konumuna daha yakın olacaktır. Bu nedenle, floresan rengi 3 'ucundaki bazların hangisinin A, T, C ve G olduğunu yansıtır.
Tersine, DNA fragmanlarının elektroforezi ne kadar yavaş lazer tarama noktasına ulaşır, DNA fragmanları ne kadar uzun olur. Sonuç olarak, sonlandırma bölgesi astarın başlangıç pozisyonundan daha uzaktır. Son olarak, dört renk haritası elde edilir.
